O Programa de Pós-Graduação em Economia da FEA/USP destaca-se pela sua escala e diversidade. Isso permite a condução de pesquisa em várias linhas pelos seus professores e alunos. Dentre essas, destacam-se:
- Microeconomia Aplicada. Inclui tópicos como economia política, economia da educação, economia da saúde, economia do meio ambiente, avaliação de políticas públicas, organização industrial, economia do trabalho e economia dos esportes.
- Macroeconomia Aplicada. Inclui abordagens distintas para problemas macroeconômicos diversos em economias nacionais e economias abertas.
- Teoria Econômica. Inclui tópicos como contratos, jogos e economia dinâmica.
- Desenvolvimento Econômico.
- Economia Regional e Urbana.
- Finanças. Inclui aspectos macro e microeconômicos de economia das finanças.
- Finanças Públicas.
- História Econômica.
- História do Pensamento Econômico.
Com frequência tópicos de pesquisa específicos permeiam mais de uma linha de pesquisa e contam com a cooperação de especialistas de mais de uma linha de pesquisa.